W ciągu ostatnich dziesięciu lat naukowcy zebrali wiele informacji na temat poszczególnych komórek w naszym ciele, badając, jak działają i zmieniają się wraz z wiekiem. Grupy badaczy z całego świata, takie jak Human Cell Atlas, próbują stworzyć standardową mapę wszystkich różnych typów komórek w ludzkim ciele.
Potrzebują jednak pomocy, ponieważ różne laboratoria używają swoich nazw dla tych komórek, co może je mylić. Aby w tym pomóc, trwają prace nad bazą danych Cell Ontology Database, których celem jest stworzenie standardowego sposobu nazewnictwa typów komórek, z którego każdy będzie mógł korzystać.
Naukowcy z Wellcome Sanger Institute, Uniwersytetu w Cambridge, Europejskiego Instytutu Bioinformatyki EMBL-EBI oraz współpracownicy opracowali narzędzie o nazwie CellHint. CellHint wykorzystuje uczenie maszynowe do standaryzacji danych generowanych na całym świecie, umożliwiając szerszej społeczności badawczej dostęp do nich, co może prowadzić do potencjalnych odkryć.
W nowym badaniu naukowcy wykorzystali CellHint do odkrycia niezbadanych powiązań między zdrowymi i chorymi stanami komórek płuc. Naukowcy wykorzystali CellHint do zbadania ośmiu chorób, w tym śródmiąższowej i przewlekłej obturacyjnej choroby płuc, wykazując potencjalne korzyści płynące ze stosowania tego narzędzia. Ponadto zastosowali CellHint do 12 tkanek z 38 zbiorów danych, tworząc kompleksową bazę danych tkanek zawierającą około 3,7 miliona komórek.
CellHint jest ogólnodostępny na całym świecie i stanowi część inicjatywy Human Cell Atlas Initiative, której celem jest mapowanie każdego typu komórek w ludzkim ciele, aby pogłębić naszą wiedzę na temat zdrowia i chorób.
CellHint standaryzuje typy komórek produkowane przez niezależne laboratoria. Następnie umieszczają dane na konkretnym wykresie, który pokazuje relacje między podtypami komórek, dając pełny obraz wszystkich komórek zidentyfikowanych w różnych zestawach danych.
Naukowcy wykorzystali CellHint do zbadania powiązań między stanem zdrowych i chorych komórek płuc w ośmiu różnych chorobach, odkrywając nowe zależności. Zidentyfikowali także określone typy komórek w hipokampie dorosłego człowieka, co może być ważne dla przyszłych badań.
Ponadto zastosowali CellHint do 12 tkanek z 38 zbiorów danych, tworząc kompleksową bazę danych tkanek zawierającą około 3,7 miliona komórek. Każda komórka jest oznaczana konkretnymi informacjami w procesie zwanym adnotacją. Naukowcy wykazali, w jaki sposób CellHint może automatycznie tworzyć różne modele zawiesin komórek w różnych tkankach ludzkich.
Odniesienie do magazynu:
- zły. Shawa, M. Bretta, S. Webb i in. (2023) Automatyczna koordynacja i integracja typów komórek w zbiorach danych atlasu komórek ludzkich. komórka. Identyfikator cyfrowy: 10.1016/j.cell.2023.11.026
„Odkrywca. Entuzjasta muzyki. Fan kawy. Specjalista od sieci. Miłośnik zombie.”
More Stories
Nowy raport WHO pokazuje, jak miasta przyczyniają się do postępu w zapobieganiu chorobom niezakaźnym i urazom
Naukowcy identyfikują „najlepszy punkt” bezpiecznej operacji po zawale serca
Badanie wykazało, że 20% dzieci chorych na zapalenie płuc nie otrzymuje antybiotyków