BW.1 – Nowy wariant Omicron, który wymyka się odporności

Koronawirus 2 zespołu ostrej niewydolności oddechowej (SARS-CoV-2), czynnik wywołujący chorobę koronawirusową 2019 (COVID-19), nadal ewoluuje poprzez mutacje genetyczne. Pojawiające się warianty SARS-CoV-2 zostały sklasyfikowane jako warianty będące przedmiotem zainteresowania (VOI) i warianty budzące obawy (VOC) na podstawie zakaźności, zjadliwości i zdolności do unikania odpowiedzi immunologicznych wywołanych zarówno naturalną infekcją, jak i szczepieniem.

pobyt: SARS-CoV-2 BW.1, szybko rosnący wariant Omicron z południowo-wschodniego Meksyku, niosący powiązane mutacje ucieczki. Źródło zdjęcia: Ibrahim Lutfi / Shutterstock.com

tło

Obecnie wariant omikronowy SARS-CoV-2 rozprzestrzenia się w większości krajów świata. Ciągłe mutacje genetyczne wariantu Omicron dały początek wielu podwariantom, co podkreśla znaczenie regularnego monitorowania genetycznego.

Nowe badanie opublikowane na szukaj fartucha Serwer preprint* zgłasza mutacje, które pomagają w ucieczce immunologicznej w szczepie BW.1 (BA.5.6.2.1), wariancie sub-Omicron, który pochodzi od szczepu BA.5.6.2.

SARS-CoV-2 BW.1 zawiera mutacje podobne do wariantu BQ.1 i pomaga w ucieczce immunologicznej. BQ.1 jest jednym z najszybciej przenoszących się szczepów i zawiera kilka mutacji, takich jak S:K444T, S:L452R, S:N460K i S:F486V.

W obecnym badaniu autorzy uważają, że BW.1 mógł pojawić się w Meksyku na początku lipca. W październiku BW.1 był szczepem najbardziej rozpowszechnionym na Półwyspie Jukatan.

Meksyk jest ważnym krajem w Ameryce Łacińskiej, który szeroko zsekwencjonował genomy SARS-CoV-2. Wcześniejsze badania wykazały, że Półwysep Jukatan jest jedną z głównych dróg wejścia wariantów SARS-CoV-2 do Meksyku ze względu na znacznie wyższy odsetek napływu turystów i działalności komercyjnej.

o studiowaniu

Sekwencje genów i metadane związane z BQ.1, BA.5.6.2 i BW.1 uzyskano z GISAID. Wszystkie istotne sekwencje genomowe, w tym PANGO, oparte na informacjach o linii 4.1.3, zostały zebrane 7 listopada 2022 r.

Dopasowanie genomu i analizę rekonstrukcji genetycznej BW.1 i wariantu rodzicielskiego BA.5.6.2 przeprowadzono przy użyciu dopasowania wielu sekwencji (MSA) w domyślnym potoku Nextstrain. Dopasowanie genomu pomogło wykryć mutanty BW.1 i umożliwiło rekonstrukcje filogenetyczne w celu prześledzenia ich pochodzenia.

Główne wnioski

Chociaż Meksyk znajduje się obecnie w fazie niskiej zachorowalności na COVID-19 po fali wywołanej przez BA.2/BA.5, analiza genetyczna próbek pobranych z Jukatanu w ciągu ostatnich kilku tygodni wykazała wysoką częstość występowania wariantu BW.1.

Co ciekawe, naukowcy zauważyli, że w październiku na Półwyspie Jukatan nastąpił gwałtowny wzrost liczby przypadków COVID-19/w tym okresie wariant BW.1 przewyższył inne warianty SARS-CoV-2 obecne w regionie, w tym wariant ojcowski.

Analiza genomowa zdecydowanie wykazała, że ​​BW.1 mógł pochodzić z Meksyku podczas piątej fali epidemii i pochodzić ze szczepów BA.5.6.2, które według doniesień krążyły na Jukatanie w tym okresie. Co ciekawe, z łącznej liczby 105 sekwencji genomowych BW.1 zebranych z bazy danych GISAID, 95 zebrano w Meksyku.

Dwa synonimiczne warianty BW.1 zostały prześledzone wstecz do meksykańskich sekwencji genomu BA.5.6.2. Odkryto tylko dwie mutacje, które odróżniają meksykański BA.5.6.2 od szczepów Omicron występujących w pozostałej części świata. Translokacja nukleotydów, T7666C, która była obecna w 2458 sekwencjach na całym świecie i 82,48% wszystkich sekwencji BA.5.6.2, była nieobecna w genomach BA 5.6.2, w tym w BW.1.

Analiza sekwencji genomu meksykańskiego ujawniła, że ​​sekwencje BA.5.6.2 i BW.1 mają wspólną substytucję synonimiczną C14599T, która była obecna tylko w 4% sekwencji BA.5.6.2 w pozostałej części świata.

Większość sekwencji genomowych BW.1 różniła się od rodzicielskiej BA.5.6.2 dwiema mutacjami punktowymi. Translokacje nukleotydów G2144A i T22942G zaobserwowano odpowiednio w 98,09% i 92,38% genomu BW.1. Warto zauważyć, że rodzicielska populacja BA.5.6.2 nie zawierała mutacji T22942G, którą po raz pierwszy wykryto w szczepie BW.1 zsekwencjonowanym w Meksyku na początku sierpnia.

Chociaż wariant BW.1 wywodzi się z linii Omicron BA 5.6, jego genom ma wspólną historię ewolucyjną z wariantami BQ.x. Dzieje się tak, ponieważ zarówno BW.1, jak i BQ.x wywodzą się z linii BA.5.

Każdy z tych dwóch wariantów podtypów odziedziczył ponad 54 mutacje, w tym S:L452R, co jest związane ze zwiększoną zakaźnością, nadając stabilność kolców i zwiększoną fuzję wirusową. Zawierają również mutację S:F486V, która jest związana z obniżoną skutecznością wielu przeciwciał monoklonalnych.

Zarówno warianty BQ.1, jak i BW.1 zawierają dodatkowe mutacje ważne w ChAD, w tym S:K444T i S:N460K, które zwiększają oporność wirusa na bebtelowimab i utrudniają rozpoznawanie przeciwciał, umożliwiając w ten sposób ucieczkę immunologiczną. Obecność mutacji S:N460K zwiększa odporność na fuzję i neutralizację.

wnioski

Autorzy obecnego badania podkreślili znaczenie monitorowania genetycznego i śledzenia mutacji, które mogą rzucić światło na identyfikację szczepów SARS-CoV-2, które negatywnie wpływają na globalną populację. Istnieje duże prawdopodobieństwo, że szczep BW.1 może zwiększyć liczbę przypadków COVID-19 na całym świecie.

*Ważna uwaga

Research Square publikuje wstępne raporty naukowe, które nie zostały zrecenzowane i dlatego nie powinny być uważane za rozstrzygające, ukierunkowujące praktykę kliniczną/zachowania zdrowotne lub traktowane jako twarde informacje.