Badanie dotyczy epidemii SARS-CoV-2 wśród dzieci i dorosłych po nocnym obozie letnim

W ostatnim raporcie opublikowanym w dniu medRxiv* Serwer Preprint Badacze zbadali epidemię koronawirusa 2 (SARS-CoV-2) wśród osób, które uczestniczyły w nocnym obozie letnim w Teksasie w czerwcu 2021 roku.

tło

Dynamika rozprzestrzeniania się SARS-CoV-2 jest bardzo zmienna, przy czym większość pacjentów z COVID-19 nie przenosi SARS-CoV-2 i tylko kilku pacjentów z koronawirusem 2019 (COVID-19) odpowiada za wtórne zakażenie SARS-COV-2 . Heterogeniczna transmisja SARS-CoV-2 wskazuje, że superdystrybutorzy odgrywają zasadniczą rolę w transmisji SARS-CoV-2.

Zdarzenia superdystrybutorów występują, gdy osoba dotknięta chorobą jest odpowiedzialna za zwiększoną liczbę wtórnych infekcji. Badania konsekwentnie donoszą, że środowiska edukacyjne nie przyczyniają się do przenoszenia SARS 2. Odwrotnie, niedawna epidemia SARS-CoV-2 w Teksasie miała miejsce wśród 186 dzieci i dorosłych, którzy uczestniczyli w nocnym obozie letnim w Teksasie w czerwcu 2021 r.

Wybuch w Teksasie

Wybuch SARS-CoV-2 wśród uczestników nocnych obozów miał miejsce w czerwcu 2021 r. na początku zmiany fali delta w Stanach Zjednoczonych (USA), podczas gdy liczba przypadków w społeczności nadal była niska, ale szybko rosła.

W obozie wzięło udział 451 osób, w tym 364 dzieci (poniżej 18 lat) i 87 osób dorosłych (powyżej 18 lat). Po zakończeniu obozu u 186 uczestników reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkryptazą (RT-PCR) potwierdziła zakażenie SARS-CoV-2.

Spośród obecnych 6%, 19% i 6% było odpowiednio zaszczepionych częściowo i całkowicie zaszczepionych. Raporty z testów RT-PCR przed przybyciem nie były obowiązkowe w przypadku uczestnictwa w obozie, a testów RT-PCR po przyjeździe nie przeprowadzono. Początkowy wskaźnik ataków 41% zaobserwowano wśród uczestników obozu, z których 20% i 48% było odpowiednio zaszczepionych i nieszczepionych.

RNA wyizolowano z 55 wymazów z nosogardzieli uzyskanych od uczestników zakażonych SARS-CoV-2 (n = 36) i członków społeczności (n = 19) i poddano sekwencjonowaniu genomu Oxford Nanopore przy użyciu metody ARTIC. Następnie przygotowano biblioteki i przeprowadzono analizę bioinformatyczną. Ponadto 4085 kompletnych genomów opublikowanych w Global Initiative on Sharing All Impact Data (GISAID) zebrano w hrabstwach Harris i Galveston w Teksasie i porównano z genomami zebranymi od uczestników obozu za pomocą platformy Nextstrain.

Od wszystkich pacjentów wytworzono amplikon RNA SARS-CoV-2, a 70% genomu SARS-CoV-2 zostało pomyślnie zrekonstruowane z ponad 10-krotnym pokryciem z 44 próbek (13 mieszkańców hrabstwa Galveston i 31 uczestników obozu). Wyniki są zgodne z trzema izolowanymi genomami członków rodziny Arlington, u których wynik testu na SARS-CoV-2 był pozytywny po kontakcie z bezobjawowymi obozowiczami po zakończeniu obozu.

Ewolucję genomu SARS-CoV-2 określono za pomocą analizy drzewa IQ, która wykazała, że ​​wszystkie genomy SARS-CoV-2 uzyskane od uczestników obozu i rodziny Arlington mają wspólnego przodka. Była to wskazówka, że ​​epidemia SARS-CoV-2 rozpoczęła się od jednego z uczestników obecnych w obozie SARS-CoV-2.

Co więcej, genomy SARS-CoV-2 uzyskane od uczestników obozu, którzy mieli wspólne czynniki ryzyka, takie jak wspólne kabiny lub autobusy, nie wykazywały grupowania się. Podobnie genomy SARS-CoV-2 uzyskane od rodzeństwa rodziny nie łączyły się razem, co wskazuje, że transmisja SARS-CoV-2 miała miejsce podczas obozu letniego. Interesujące, kilka genomów SARS-CoV-2 uzyskanych od osób, które nie były uczestnikami obozu, zgrupowało się z uczestnikami obozu, co wskazuje, że SARS-CoV-2 został przeniesiony od uczestników obozu do społeczności.

Analiza filogenetyczna platformy Nextstrain pozwoliła na odkrycie 29 genomów wykazujących skupienie z genomami uczestników obozu uzyskanymi po zakończeniu obozu letniego, tj. między 28 czerwca 2021 a 30 lipca 2021. Wskazuje to, że nastąpiła transmisja społecznościowa SARS-CoV-2 z obozu i kursuje do 30 lipca 2021 r.

Wnioski

Podsumowując, wyniki badań wykazały, że super rozprzestrzenianie się SARS-CoV-2 może wystąpić podczas dużych zgromadzeń edukacyjnych. Wybuch w Teksasie został prawdopodobnie spowodowany przez uczestnika obozu SARS-CoV-2, który przeniósł SARS-CoV-2 na innych obozowiczów, a tym samym na populację społeczności. Doprowadziło to do łańcucha transmisji SARS-CoV-2, który trwał co najmniej do końca lipca 2021 r.

Badanie podkreśla ryzyko zakażenia SARS-CoV-2 podczas całonocnych obozów letnich, które nie obejmują strategii zapobiegania COVID-19, takich jak szczepienia i testy SARS-CoV-2 przed i po przybyciu uczestników obozu. Co więcej, autorzy uważają, że niniejsza praca jest pierwszą tego rodzaju integrującą metody epidemiologiczne, ewolucyjne i genomiczne w celu zbadania epidemii SARS-CoV-2 występującej podczas całonocnego obozu letniego.

*Ważna uwaga

medRxiv publikuje wstępne raporty naukowe, które nie były recenzowane i dlatego nie powinny być uznawane za rozstrzygające, ukierunkowywać praktykę kliniczną/zachowania związane ze zdrowiem lub być traktowane jako ustalone informacje.