Analiza ddPCR jest skuteczna w identyfikacji mutacji biegunowych w raku endometrium, wyniki badań

Cyfrowa reakcja łańcuchowa polimerazy kropelkowej (ddPCR) może być przydatnym narzędziem do szybkiej identyfikacji pacjentów kolumnaZmutowany rak endometrium, zgodnie z wynikami badania opublikowanego w Czasopismo Ginekologii Onkologicznej.

Około 1 na 10 pacjentów (10,8%) miało kolumna Mutacje na podstawie testu ddPCR. Autorzy napisali, że wskaźnik ten jest podobny do poprzednich publikowanych raportów. Ośmiu z 26 pacjentów uzyskało wynik pozytywny kolumna Mutacje badano za pomocą ujemnego testu ddPCR przy użyciu sekwencjonowania Sangera. U tych 8 pacjentów przeprowadzono sekwencjonowanie nowej generacji, a także 3 przypadki, w których sekwencjonowanie metodą Sangera zidentyfikowało mutację, ale ddPCR wykazało wskaźnik mutacji (MI) poniżej 5%. U 10 z 11 pacjentów sekwencja docelowa pasowała do wyników testu ddPCR.

„Rozbieżność była przypadkiem, w którym zaobserwowano bardzo niską kopię mutacji V411L w ddPCR” – napisali autorzy.

Ogólnie rzecz biorąc, mutacje V411L były najczęstsze kolumna Boom (61,54%), a następnie P286R (23,07%), S459F (7,69%), S297F (3,85%) i A456P (3,85%). Mutacje S297F i A456P występują u mniej niż 4% pacjentów. Badacze stwierdzili, że odkrycie, że mutacje V411L były zdecydowanie najczęstszą mutacją, było zaskakujące, ponieważ dane z National Institutes of Health’s Cancer Genome Atlas wskazują, że P286R występuje częściej niż V411L. Rozbieżność może wynikać ze zdolności ddPCR do wykrywania mutacji niskiego MI, niestabilności genetycznej związanej z podtypem MMR-D lub różnic demograficznych. Autorzy stwierdzili, że potrzebne są większe badania, aby w pełni odpowiedzieć na to pytanie.

Badacze wyjaśnili, że pacjenci z kolumna Ogólnie rzecz biorąc, mutanty mają doskonałe rokowanie, podczas gdy pacjenci z p 53 Mutacje mają złe rokowania. Pozostałe dwa podtypy uwzględnione w badaniu, niedopasowanie z niedoborem naprawy (MMR-D) i podtyp bez specyficznego profilu molekularnego (NSMP), mają pośrednie rokowanie. Badacze zauważyli, że kategoryzacja pacjentów według podtypów może być wyzwaniem. Chociaż status MMR i p53 można wykryć za pomocą barwienia immunohistochemicznego, nie ma standardowej metody wykrywania kolumna Mutacje, które są obecnie identyfikowane za pomocą sekwencjonowania NGS lub Sangera.

„Sekwencjonowanie Sangera jest przydatne do oceny eksonów 9, 11, 13 i 14 POLE, w których skoncentrowane są gorące punkty mutacji, chociaż ma niski limit wykrywalności i istnieje duży potencjał fałszywie ujemnych wyników dla mutacji o niskiej częstotliwości” – autorzy napisał.

Badacze postawili hipotezę, że rozwiązaniem może być test ddPCR. Ta metoda ilościowa jest w stanie wykryć nawet niewielkie poziomy mutacji genetycznych i może być wykonana przy użyciu próbek zatopionych w parafinie w ciągu zaledwie 1-2 dni. Badacze ocenili, jak ddPCR w porównaniu z sekwencjonowaniem NGS i Sangerem sprawdził się w identyfikacji kolumna Mutacje u pacjentek z rakiem endometrium.

Za pośrednictwem szpitalnej bazy danych zidentyfikowano dokumentację medyczną i raporty patologiczne od 240 pacjentów z rakiem endometrium i oceniono za pomocą testu ddPCR. Badacze użyli testu ddPCR do zidentyfikowania 5 wcześniej zidentyfikowanych mutacji hotspot genu POLE: P286R, S297F, V411L, A456P i S459F. Oprócz testu ddPCR oceniono dokładność immunohistochemii w określaniu ekspresji białka p53 i MMR.

Jeśli chodzi o wyniki, analiza wykazała, że ​​pacjenci z wysokim wynikiem FIGO, głębokim naciekiem mięśniówki macicy, naciekaniem przestrzeni limfatycznej, zaawansowanym stadium i wysokim/zaawansowanym ryzykiem rozwoju choroby byli bardziej podatni na rozwój choroby. p 53 mutacja i były również bardziej narażone na słabe wyniki. chory w kolumnaW grupie zdegenerowanej częściej występowały niskie stadia i niskie/średnie ryzyko. Ci pacjenci mieli również najlepsze wyniki z każdej podgrupy, napisali naukowcy.

Dodali: „Kiedy tylko grupy średniego, wysokiego, średniego i wysokiego ryzyka analizowano dla podgrup, klasyfikacja molekularna nadal wykazywała różnice zarówno w PFS (P = 0,003), jak i całkowitym przeżyciu (P = 0,017)”.

Istnieją różne sposoby, kiedy i jak pacjenci testują różne podtypy molekularne, ale naukowcy twierdzą, że ich badania skłoniły ich do opowiedzenia się za stosowaniem do oceny jednoczesnej immunohistochemii i testów ddPCR. kolumnaoraz MMR i p53 w tym samym czasie. Doszli do wniosku, że może to pomóc w zapobieganiu błędnej klasyfikacji i skróceniu czasu potrzebnego na klasyfikację pacjentów.

odniesienie

Kim G, Lee SK, Suh DH i in. Ocena kliniczna cyfrowego testu kroplowego PCR do wykrywania mutacji POLE i molekularnej klasyfikacji nowotworów endometrium. J Jenicola Oncol. 2022; 33 (2): e15. doi: 10.3802/jgo.2022.33.e15