Nadal nie rozumiemy, w jaki sposób człowiek zaraził się ptasią grypą od krowy

W tym tygodniu USDA opublikowało niepublikowaną wersję swojego raportu Analiza genetyczna częstości występowania i rozprzestrzeniania się ptasiej grypy na krowy mleczne w Stanach Zjednoczonychoferuje najpełniejszy jak dotąd wgląd w dane zebrane przez śledczych stanowych i federalnych na temat nieoczekiwanej i alarmującej epidemii oraz tego, co może ona oznaczać.

Analiza przeddruku dostarcza kilku ważnych informacji na temat epidemii – od tego, kiedy mogła się już rozpocząć, ile infekcji nam brakuje, po zaskakującą niewiadomą dotyczącą jedynej infekcji u człowieka związanej z epidemią, do stopnia, w jakim wirus będzie się utrzymywał ewoluować u krów. Informacje te mają kluczowe znaczenie, ponieważ eksperci ds. grypy obawiają się, że wybuch epidemii zwiększy stale obecne ryzyko, że podstępny wirus grypy wyewoluuje, aby rozprzestrzenić się wśród ludzi i wywołać pandemię.

Jednak zdobycie informacji nie było łatwe. Od 25 marca – kiedy USDA po raz pierwszy potwierdziła, że ​​stado amerykańskich krów mlecznych zostało zakażone wysoce zjadliwym wirusem ptasiej grypy H5N1 – agencja była krytykowana na arenie międzynarodowej za nieszybkie lub pełne udostępnienie danych. 21 kwietnia agencja pod naciskiem zewnętrznych ekspertów umieściła w publicznych bazach danych ponad 200 sekwencji genetycznych. Jednak wielu z tych sekwencji brakuje metadanych, które zazwyczaj zawierają podstawowe i kluczowe informacje, takie jak czas i miejsce pobrania próbki wirusa. Zewnętrzni eksperci nie mają tak ważnych informacji, co sprawia, że ​​niezależne analizy są frustrująco ograniczone. Zatem nowa analiza USDA – która ma obejmować te dane – oferuje najlepszy jak dotąd obraz pełnych informacji o wybuchu epidemii.

Niewykryty spread

Jednym z najważniejszych wniosków jest to, że badacze USDA uważają, że rozprzestrzenianie się ptasiej grypy z dzikiego ptactwa na zwierzęta gospodarskie rozpoczęło się pod koniec ubiegłego roku, najprawdopodobniej w grudniu. Zatem wirus prawdopodobnie krążył niewykryty wśród krów mlecznych przez około cztery miesiące, zanim 25 marca USDA potwierdziło infekcję w stadzie w Teksasie.

Ten chronologiczny wniosek jest w dużej mierze zgodny z wnioskiem Ma Zebrane przez ekspertów zewnętrznych Z ograniczonych danych dostępnych publicznie. Może więc nie będzie to zaskoczeniem dla osób po wybuchu epidemii, ale jest niepokojące. Miesiące niewykrytego rozprzestrzeniania się wirusa budzą poważne obawy co do zdolności kraju do szybkiego identyfikowania ognisk pojawiających się chorób zakaźnych i reagowania na nie oraz tego, czy reakcje w zakresie zdrowia publicznego wykraczają poza błędy obserwowane we wczesnych stadiach pandemii Covid-19.

Ale kolejnym wielkim odkryciem wynikającym z druku wstępnego jest to, ile luk nadal istnieje w naszym obecnym rozumieniu epidemii. Do chwili obecnej USDA zidentyfikowała 36 stad w dziewięciu stanach zakażonych wirusem H5N1. Dobra wiadomość wynikająca z analizy genetycznej jest taka, że ​​USDA potrafi narysować linie łączące większość z nich. Naukowcy z USDA podali, że „bezpośrednie przemieszczanie zwierząt gospodarskich w oparciu o praktyki produkcyjne” wydaje się wyjaśniać, w jaki sposób wirus H5N1 przeniósł się z regionu Teksasu – gdzie przypuszcza się, że nastąpiło początkowe rozprzestrzenienie – do dziewięciu innych stanów, z których niektóre aż na północ Karolina. Michigan i Idaho.

Domniemane szlaki przenoszenia HPAI H5N1 klad 2.3.4.4b genotyp B3.13 potwierdzają powiązania epidemiologiczne, przemieszczanie się zwierząt i analizę genetyczną. [/ars_img]Zła wiadomość jest taka, że ​​liny łączące stada nie są mocne. Istnieją luki, w przypadku których dane genetyczne sugerują, że dochodzi do nieznanego przeniesienia, być może u krów, od których nie pobrano próbek, a być może także u innych zwierząt. Dane genetyczne jasno wskazują, że gdy szczep ptasiej grypy – H5N1 klad 2.3.4.4 o genotypie B3.13 – dotrze do zwierząt gospodarskich, może łatwo rozprzestrzenić się na inne ssaki. Dane genetyczne łączą wirusy pochodzące od zwierząt gospodarskich przenoszone wielokrotnie na inne zwierzęta: było pięć przeskoków ze zwierząt gospodarskich na drób, jeden przeskok ze zwierząt gospodarskich na szopy, dwa zdarzenia, w których wirus przeskoczył ze zwierząt gospodarskich na koty domowe i trzykrotny przeskok wirusa od rozsypanego inwentarza żywego ponownie do dzikiego ptactwa.

„Nie możemy wykluczyć możliwości, że ten genotyp rozprzestrzeni się na lokalizacje i żywicieli, z których nie pobrano próbek, ponieważ obecna analiza sugeruje, że brakuje danych, a brak nadzoru może przesłaniać transmisję wywnioskowaną za pomocą metod filogenetycznych” – napisali badacze z USDA w swoim wstępnym druku.