Badacze przyglądają się, jak zmienne wpływają na badania IBD

Nowa analiza sugeruje, że typ stolca jest lepszy niż wyniki biopsji w badaniu zapalna choroba jelit (IBD) Dysbakterioza.

Zespół kierowany przez mgr Lamę Ezzata Hassana Abdel-Rahmana z Wydziału Mikrobiologii i Immunologii Uniwersytetu Otago ocenił odtwarzalność badań mikrobiomu IBD.

Niespójne badania

W ostatnich latach w kilku badaniach zbadano środowisko mikrobiologiczne w jelitach pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejącym zapaleniem jelita grubego. Istnieje jednak jeden problem z taksonami związanymi z IBD, a rozmiary wpływu na środowisko nie były spójne między badaniami.

„Przekonujące dowody wskazują, że mikrobiom jest niezbędny dla patogenezy IBD” – napisali autorzy. „Powszechnie uważa się, ale nie jest powszechnie akceptowane, że liczba taksonów w mikrobiomie jelitowym pacjentów z IBD była zmniejszona w porównaniu z tymi bez IBD. Inne szeroko opisywane odkrycia obejmują większą zmienność w strukturze mikrobiomu (różnorodność beta) u pacjentów z IBD w porównaniu z osobnikami kontrolnymi oraz różnice w strukturze taksonomicznej zarówno u pacjentów z UC, jak i CD”.

Włączenie i wykluczenie

W metaanalizie badacze zidentyfikowali 13 badań i przeanalizowali, w jaki sposób zmienne, takie jak typ próbki — stolec, biopsja lub mycie — wpływają na wyniki badań mikrobiomu jelitowego IBD w latach 2012-2020. Badacze zastosowali znormalizowane metody bioinformatyczne dla wszystkich danych pierwotnych.

Badania objęte analizą obejmowały co najmniej 50 uczestników. Naukowcy wykluczyli również badania z udziałem czynników zmieniających mikrobiotę, w tym hodowli drobnoustrojów kałowych. Wszystkie badania obejmowały również grupę pacjentów zdrowych lub bez IBD, z wyjątkiem jednego badania uwzględnionego w analizie.

Wyniki

Wyniki wykazały, że zmniejszenie różnorodności alfa było spójne w badaniach obejmujących zarówno pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna, jak i wrzodziejącym zapaleniem jelita grubego. Jednak było to bardziej wyraźne u pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna.

Choroba ogólna znacząco przyczyniła się do wariancji zróżnicowania beta w większości badań. Chociaż wielkość efektu różniła się tutaj, wpływ typu próbki był większy niż wpływ choroby.

Rodzajem najściślej związanym z chorobą Leśniowskiego-Crohna był Fusobacterium, ale rodzaje związane z chorobą były często niespójne między badaniami. Badania kału również charakteryzowały się mniejszą różnorodnością niż badania biopsyjne, szczególnie w przypadku choroby Leśniowskiego-Crohna.

„Chociaż znaleźliśmy kilka spójnych różnic taksonomicznych w zestawach danych dotyczących UC i CD, nasze wyniki pokazują, że IBD ma stały wpływ na różnorodność ekosystemów alfa i beta i sugerują, że typ stolca może być lepszy niż biopsja w przedstawianiu dysplazji związanej z IBD. autorzy piszą o niskiej heterogeniczności: „Dalej demonstrujemy użyteczność zastosowania zaktualizowanych metod bioinformatycznych do danych historycznych”.

Położenie geograficzne

Położenie geograficzne Według danych z dorocznego europejskiego zjazdu Crohna i zapalenia jelita grubego w 2022 roku może to być ważniejszym czynnikiem w tworzeniu się mikroflory jelitowej niż to, czy dana osoba ma IBD.

Zespół kierowany przez J.Hu, Icahn School of Medicine w Mount Sinai, Department of Genetics and Genomics, określił skład mikrobiomu jelitowego kobiet w ciąży i niemowląt w Hongkongu i Stanach Zjednoczonych z IBD lub bez.

Kobiety w ciąży z IBD w Hongkongu miały wyższą liczbę 15 klasyfikacji na poziomie płci, w tym BifidobakteriaA stołek A Bakteroidy W porównaniu do kobiet w ciąży w Stanach Zjednoczonych bez choroby zapalnej jelit. Z drugiej strony kobiety ciężarne z IBD w Hongkongu miały niższą liczebność 6 taksonów, w tym Blautia i Turicibacter, niż kobiety ciężarne w Stanach Zjednoczonych bez IBD.

W przypadku dzieci urodzonych przez matki bez IBD, te w Hongkongu miały większą obfitość 3 odmian, w tym Klipella A Escherichia / Shigella i mniejsza obfitość Enterokoki W porównaniu do dzieci urodzonych przez kobiety bez IBD w Stanach Zjednoczonych. Po porównaniu zróżnicowania alfa-mikrobiomu jelit zarówno dla kobiet, jak i grup niemowląt, obie grupy były niższe w Hongkongu (z IBD: s = 0,077; Bez IBD: s = 0,13) oraz w USA (z IBD: s = 0,0024; Bez IBD: s = 0,019)).

badania, „Poszukiwanie zgodności między badaniami nad nieswoistym zapaleniem jelit: systematyczna metaanaliza„online w Choroby zapalne jelit.